برگزاری موفقت آمیز انتخابات و مشاركت گسترده مردم ، امیدهای آمریكا را در سرنگونی قریب الوقوع نظام اسلامی كه خبر آن مرتبا در رسانه های گروهی غرب و بیانیه های ضد انقلاب داخلی منعكس می شد، بر باد داد . روز 13 آبان گروهی از نیروهای مسلمان دانشگاهی با نام «دانشجویان مسلمان پیرو خط امام» سفارت آمریكا در تهران را اشغال كرده و پس از شكستن مقاومت تفنگداران آمریكایی نگهبان سفارت جاسوسان آمریكایی را بازداشت كردند . سندهای بدست آمده از سفارت پرده از اسرار جاسوسیها و دخالتهای بی شمار آمریكا در ایران و كشورهای مختلف جهان بر می داشت و اسامی بسیاری از عوامل و رابطها و جاسوسهای آمریكا و انواع شیوه های جاسوسی و تحركات سیاسی این كشور را در مناطق مختلف جهان افشا می كرد.
امام خمینی از حركت انقلابی دانشجویان حمایت كرد و آنرا انقلابی بزرگتر از انقلاب اول نامید . طرح عملیات آزاد كردن جاسوسان بازداشت شده با واقعه شگفت و معجزه آسا در صحرای طبس ایران ، با شكست مواجه شد .
مرگ شاه در تاریخ 5 مرداد 1359 در مصر عملا یكی از شرایط ایران را كه استرداد او به عنوان جنایتكار اصلی در كشتارهای مردم بود منتفی ساخت . سرانجام پس از 444 روز با وساطت الجزایر و بنا به رای نمایندگان مجلس شورای اسلامی و بر طبق توافقنامه الجزایر بین ایران و آمریكا جاسوسان آزاد شدند و آمریكا متعهد به عدم دخالت در امور داخلی ایران و باز پس دادن اموال و دارائیهای بلوكه شده ایران شد . كه هیچگاه بدان عمل نكرد .
در انتخابات اولین دوره ریاست جمهوری ایران ( 15/11/1358 ) و در حالی كه امام خمینی در بیمارستان قلب تهران بستری بود . ابوالحسن بنی صدر از رقبای خود پیشی گرفت . او مغرور از آراء بدست آمده ، از آغاز بنا را بر اختلاف با جناح خط امام و مخالفت با روحانیت گذاشت . او نیز همچون دولت موقت معتقد به سازش و زد و بندهای سیاسی با كشورهای قدرتمند بود .
سر انجام امام خمینی طی حكمی كوتاه در 20 خرداد 1360 بنی صدر را از فرماندهی كل قوا عزل و متعاقب آن مجلس شورای اسلامی رای به بی كفایتی وی داد . با سقوط بنی صدر اعضا و هواداران سازمان مجاهدین خلق ( منافقین ) ، كه بعد از پیروزی انقلاب از ضعف دولت موقت و حمایتهای بنی صدر كمال استفاده را برده و تشكیلات خود را گسترش داده بودند در 20 خرداد 1360 دست به اغتشاشی خونین زدند .
آیه الله خامنه ای روز 6 تیر ماه 1360 بر اثر انفجار بمبی كه منافقین در مسجد اباذر تهران كار گذاشته بودند به هنگام سخنرانی مجروح گردید . فردای آن روز فاجعه عظیم 7 تیر به وقوع پیوست . 72 تن از كارآمدترین عناصر نظام اسلامی و یاران امام خمینی كه در میان آنان رئیس دیوانعالی كشور ( دكتر بهشتی ) ، چند تن از وزراء ، تعدادی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی و جمعی از مسئولین قوه قضائیه حضور داشتند ، در مقر حزب جمهوری اسلامی بر اثر انفجار بمبی قوی كه عامل نفوذی سازمان منافقین كار گذاشته بود ، شهید شدند . دو ماه بعد در روز 8 شهریور 1360 آقای محمد علی رجایی چهره محبوب مردم ایران كه بعد از عزل بنی صدر از سوی مردم به ریاست جمهوری انتخاب شده بود به همراه حجه الاسلام دكتر محمد جواد باهنر ( نخست وزیر ) در محل كار خویش به شهادت رسیدند . تصمیم سریع و قاطع حضرت امام در انتخاب و نصب بلافاصله افراد به جای شهیدانی كه در این حوادث از مدیریت نظام گرفته می شدند ، در سازمان دادن به امور و مایوس كردن دشمن نقشی بس موثر داشت و موجب حیرت محافل خبری و سیاسی جهان بود .
پس از فاجعه هفتم تیر سال 1360 و شهادت دهها تن از یاران امام و مسئولین نظام جمهوری اسلامی ، سركردگان گروهك منافقین به همراه رئیس جمهوری معزول با لباس و آرایش زنانه و بوسیله عوامل نفوذی در فرودگاه تهران به پاریس گریختند .
منافقین علاوه بر شهادت 72 نفر از محبوب ترین شخصیتهای نظام اسلامی در انفجار مقر حزب جمهوری اسلامی و شهادت رئیس جمهوری و نخست وزیر ایران چهره های برجسته دیگری نیز بوسیله اقدامات تروریستی منافقین از مردم ایران گرفته شدند.
