روز 13 مهر ماه 1344 حضرت امام به همراه فرزندشان آیه الله حاج آقا مصطفی از تركیه به تبعیدگاه دوم ، كشور عراق اعزام شدند علل و انگیزه ها از تغییر محل تبعید امام عمدتا عبارت بودند از : فشارهای مداوم جامعه مذهبی و حوزه های علمیه داخل و خارج و تلاشها و تظاهرات دانشجویان مسلمان خارج كشور برای آزادی امام ، تلاش رژیم شاه برای عادی جلوه دادن اوضاع و اقتدار و اثبات خویش به منظور جلب حمایت بیشتر آمریكا ، مشكلات امنیتی و روانی دولت تركیه و افزایش فشارهای داخلی جامعه مذهبی تركیه و از همه مهم تر تصور رژیم شاه از اینكه فضای ساكت و سیاست ستیز آن ایام در حوزه نجف و وضعیت رژیم حاكم بر بغداد خود مانعی بزرگ برای محدود نمودن فعالیتها امام خمینی خواهد بود .
استقبال پرشور طلاب و مردم از ایشان در شهرهای مذكور، خود بیانگر آن بود كه بر خلاف تصور رژیم شاه پیام نهضت 15 خرداد در عراق و نجف نیز هوادارانی یافته است .
دوران اقامت طولانی و 13 ساله امام خمینی در نجف در شرایطی آغاز شد كه هر چند در ظاهر فشارها و محدودیتهای مستقیم در حد ایران و تركیه وجود نداشت اما مخالفتها و كارشكنیها آنچنان گسترده و آزار دهنده بود كه امام با همه صبر و بردباری معروفش بارها از سختی شرایط مبارزه در این سالها به تلخی تمام یاد كرده است . ولی هیچیك از این مصائب و دشواریها نتوانست او را از مسیری كه آگاهانه انتخاب كرده بود باز دارد .
امام خمینی سلسله درسهای خارج فقه خویش را با همه مخالفتها و كارشكنیهای عناصر مغرض در آبان 1344 در مسجد شیخ انصاری (ره) نجف آغاز كرد ، كه تا زمان هجرت از عراق به پاریس ادامه داشت .
امام خمینی در تمام دوران پس از تبعید ، علیرغم دشواریهای پدید آمده ، هیچگاه دست از مبارزه نكشید ، با سخنرانیها و پیامهای خویش امید به پیروزی را در دلها زنده نگاه می داشت .
امام خمینی در پیامی (17 خرداد 1346) به مناسبت جنگ شش روزه اعراب و اسرائیل فتوای انقلابی خویش را مبنی بر حرمت هر گونه رابطه تجاری و سیاسی دولتهای اسلامی با اسرائیل ، و حرمت مصرف كالاهای اسرائیلی در جوامع اسلامی را صادر كرد .
در همین زمان (خرداد 1346) بود كه قصد رژیم دایر بر تبعید امام از نجف به هندوستان با افشاگری و تلاش و مخالفت گروههای سیاسی مبارز خارج و داخل كشور عقیم ماند .
با روی كار آمدن حزب بعث (26 تیرماه 1347) در عراق و دشمنی این حزب با حركتهای اسلامی ، دشواریهای بیشتری فرا روی نهضت امام خمینی پدید آمد ، اما حضرت امام دست از مبارزه نكشید .
امام خمینی در گفتگویی با نماینده سازمان الفتح فلسطین در 19 مهر 1347 دیدگاههای خویش را درباره مسائل جهان اسلام و جهات ملت فلسطین تشریح كرد و در همین مصاحبه بر وجوب اختصاص بخشی از وجوه شرعی زكات به مجاهدان فلسطینی فتوا داد .
30 مرداد 1348 قسمتی از مسجد الاقصی بوسیله صهیونیستهای افراطی به آتش كشیده شد شاه كه تحت فشار افكار عمومی قرار داشت با پیشنهاد قبول هزینه تعمیر مسجد به كمك اسرائیل شتافت تا از استمرار خشم مسلمان كاسته شود . امام خمینی در پیامی ، فریبكاری شاه را افشاء كرد .
چهار سال تدریس ، تلاش و روشنگری امام خمینی توانسته بود تا حدودی فضای حوزه نجف را دگرگون سازد. در سال 1348 علاوه بر مبارزین بی شمار داخل كشور مخاطبین زیادی در عراق ، لبنان و دیگر بلاد اسلامی بودند كه نهضت امام خمینی را الگوی خویش می دانستند . حضرت امام سلسله درسهای خویش را درباره حكومت اسلامی یا ولایت فقیه در بهمن 1348 آغاز كرد . انتشار مجموعه این درسها در قالب كتابی تحت عنوان «ولایت فقیه» یا «حكومت اسلامی» در ایران و عراق و لبنان در موسم حج شور تازه ای به مبارزه می داد.
